در این مرحله، پژوهشگر همکار، آیات و احادیث مربوط به یک موضوع (مَدخَل) را پس از یادداشت بردارى از منابع موجود، از طریق نرم افزارهاى رایانه اى و جستجوى کلیدْواژه هاى اصلى و مرتبط، گِرد مى آورد(1) و آنها را به حاصل تحقیقات دستى در مرحله ی پیشین(2) مى افزاید. پرونده یا پوشه اى که در این مرحله تشکیل
مى شود، متناسب با موضوع، عنوانى عربى به خود مى گیرد و بر اساس ریشه ی کلمه، ترتیب الفبایى مى یابد.
1) فهرست منابع و مآخذِ (کتابْ نامه) جلد نخست دانش نامه، در پایان این جلد، خواهد آمد. این فهرست، به دلیل مشترک بودن بخش عُمده منابع در تمامى مجلّدات، مى تواند نیاز خوانندگان جلدهاى بعدى دانش نامه را تا حدّ زیادى بر طرف نماید؛ امّا به یارى خدا، در اَثناى نشر و به تدریج، فهرست هایى از منابع و مآخذ غیر مشترک نیز عرضه خواهد شد. به علاوه، در پایان تألیف، فهرست کاملى از تمامى منابع و مآخذ دانش نامه، به همراه نمایه، در اختیار خوانندگان، قرار خواهد گرفت.
2) منظور از «مرحله پیشین»، کار تحقیقى مؤلّف و همکاران او در تدوین کتاب میزان الحکمه است (ر. ک: ص 23: «پیش گفتار / برکات میزان الحکمة»).
